Protektorátní vláda byla formálně nejvyšším orgánem státní moci. De facto však nedisponovala politickou mocí, ale spravovala zemi pod dohledem okupantů. Předseda druhé protektorátní vlády, generál Alois Eliáš, byl kvůli napojení na protinacistický odboj 27. září 1941 zatčen a 19. června 1942 popraven. V lednu 1942 byly kompetence vlády jako sboru i jednotlivých ministerstev silně omezeny, do čela klíčového ministerstva hospodářství byl navíc dosazen Němec Walter Bertsch.